Agouti

Che cos'è Agouti?

Agouti è una piattaforma web progettata per supportare, in paesi pilota, progetti di ricerca il cui obiettivo è quello di utilizzare gli avvistamenti di mammiferi per stimare il numero e la distribuzione delle diverse specie.

Questo è generalmente fatto da professionisti, naturalisti esperti e volontari formati che hanno a loro disposizione un set di fototrappole. Se le fototrappole sono impostate secondo i protocolli ENETWILD, i dati possono essere utilizzati per stimare sistematicamente la densità dei mammiferi.

Autore: P. Palencia / SaBio-IREC

Perché dovrei utilizzarlo?

Aiutaci a utilizzare le immagini della tua fototrappola per rispondere a domande importanti sulle popolazioni di mammiferi.

Agouti ha un’interfaccia pulita e moderna, orientata alla produttività. Chiunque può usarlo con poca formazione. Sono disponibili dei video per mostarti i diversi aspetti del sistema.

L’app lavora mettendo in collaborazione i vari utenti per gestire in modo efficiente i dati che vengono caricati.

I dati sono organizzati utilizzando formati standard internazionali e possono essere archiviati su banche dati open-source o utilizzati per ulteriori analisi in un secondo momento.

Puoi utilizzare l’app per formare il tuo team di collaboratori o per lavorare con altri ricercatori.

Quali sono i vantaggi del suo utilizzo?

La nostra conoscenza riguardo la maggior parte dei mammiferi è piuttosto limitata. Sebbene esistano studi molto dettagliati sulla biologia di questi animali, le informazioni raccolte provengono da aree naturali, solitamente molto piccole. È importante ampliare questo punto di vista, in modo da poter ottenere informazioni a partire da un ambiente più ampio possibile.

Grazie alle informazioni fornite da "cittadini scienziati" come te, possiamo comprendere meglio la distribuzione spaziale e le dinamiche temporali di un'ampia varietà di mammiferi.
Queste informazioni ci aiuteranno a comprendere meglio l'influenza del cambiamento climatico e delle attività umane sui cambiamenti nei modelli di distribuzione e sulla presenza di specie introdotte o invasive. I mammiferi selvatici influenzano anche la trasmissione di malattie che colpiscono il bestiame e gli esseri umani. Una buona comprensione della distribuzione dei mammiferi può aiutare a prendere decisioni basate sull'evidenza con l'obiettivo di ridurre il rischio di trasmissione.
Attraverso le informazioni caricate dagli utenti, quando avremo raccolto una quantità di dati sufficiente, non solo potremo vedere quali specie sono presenti in un determinato territorio, ma potremo anche avere una migliore percezione di quali specie potrebbero essere assenti in ogni regione. Queste informazioni sono molto importanti per comprendere e prevedere con precisione la distribuzione delle specie e verranno utilizzate per aiutare a creare il prossimo Atlante Europeo dei Mammiferi.

Potremo verificare le informazioni che ci invierai con l’aiuto di esperti e altri membri della comunità scientifica. Queste informazioni convalidate, verranno inviate ad un archivio centralizzato a cura del Servizio di Informazione sulla Biodiversità Globale (GBIF) e dell’Autorità Europea per la Sicurezza Alimentare (EFSA). In questo modo i ricercatori e i gestori della fauna selvatica di tutto il mondo potranno utilizzarli per rispondere alle domande di ricerca, presenti e future, sulla conservazione.

Perché i dati vengono registrati in GBIF?

GBIF — (Servizio di Informazione sulla Biodiversità Globale) — è una rete internazionale/fondazione di ricerca finanziata dai governi di tutto il mondo e finalizzata a fornire a chiunque e ovunque l’accesso aperto ai dati su tutti i tipi di vita presente sulla Terra.

Una parte importante della missione di GBIF è promuovere una cultura in cui le persone riconoscano i vantaggi della pubblicazione open-souce (ad accesso aperto) dei dati sulla biodiversità , per se stessi e per la più ampia comunità globale.

Rendendo le tue informazioni accessibili tramite GBIF e altre reti di informazione sulla biodiversità, contribuirai ad accrescere la conoscenza globale della biodiversità e ad elaborare soluzioni che ne promuoveranno la conservazione e l’uso sostenibile.

Rendendo disponibili pubblicamente le tue informazioni, i dati di tutto il mondo potranno essere combinati ed utilizzati dai ricercatori per lavorare insieme verso un obiettivo comune.

Perché i dati vengono condivisi con EFSA?

L’ Autorità Europea per la Sicurezza Alimentare (EFSA) fornisce alla Commissione Europea e al pubblico in generale, consulenza scientifica indipendente sulla sicurezza alimentare e su eventuali rischi all’interno delle catene alimentari. L’EFSA utilizzerà le informazioni raccolte sull’abbondanza e la distribuzione dei mammiferi selvatici per valutare il rischio di malattie che colpiscono la fauna selvatica, il bestiame e l’uomo.

Come si usa?

Agouti è progettato per una facile gestione ed elaborazione di immagini e di dati raccolti tramite fototrappole. L’obiettivo finale è raccogliere dati, standardizzare le annotazioni e renderli disponibili alla più ampia comunità scientifica. Agouti ospita una raccolta di progetti a cura di organizzazioni o singoli individui. I progetti sono raccolte distinte di implementazioni – serie di foto / video provenienti da una singola fototrappola in una singola posizione – che condividono un determinato protocollo di rilevamento.

Ciascun partecipante può ricoprire all’interno di un progetto, un ruolo diverso. Il livello di ruolo più alto è Principal Investigator, che ha il pieno controllo del progetto, mentre il più basso è il Volunteer, questo può solo annotare fotografie che sono già state caricate. Un utente può avere ruoli diversi in progetti diversi. I contenuti all’interno dei progetti non sono visibili ai non partecipanti. La proprietà e le norme di condivisione sono definite a livello di progetto.

I partecipanti al progetto caricano i dati dalle schede di memoria della fototrappola ed inseriscono manualmente la posizione e altri metadati. Agouti importa le immagini, estrae date, orari e altre informazioni dai metadati dell’immagine e utilizza i timestamp per raggruppare le immagini in sequenze che rappresentano lo stesso evento (ad esempio un animale che passa). Le immagini vengono passate attraverso il riconoscimento automatico per identificare le sequenze contenenti persone. Queste sequenze vengono messe da parte per motivi di privacy. Le sequenze rimanenti vengono analizzate dai partecipanti al progetto che annotano ciascuna con una o più osservazioni, utilizzando una semplice interfaccia. È in corso di progettazione un’interfaccia per la validazione da parte di esperti.

I dati possono essere esportati per ulteriori analisi. Stiamo introducendo strumenti per riassumere i dati del progetto in grafici e tabelle. Immagini e dati vengono archiviati in modo sicuro in un server universitario, sottoposti a mirroring e a backup su due data center indipendenti e fisicamente separati. Verranno aggiunti i collegamenti per il trasferimento a un archivio permanente (Zenodo) e a GBIF. I proprietari del progetto possono scegliere se rendere i dati disponibili ad altri scienziati a scopo di ricerca.

Il progetto sarà impostato in modo che tutti i dati possano essere automaticamente resi disponibili per la condivisione, e promuoveremo la condivisione con gli archivi GBIF e EFSA, utilizzando una dichiarazione precisa sul portale web.

L’interfaccia di Agouti per annotare le sequenze di immagini. Il modulo sul lato destro consente all’analizzatore (“spotter”) di aggiungere una o più osservazioni a ciascuna sequenza di immagini. Il cursore sotto l’immagine consente agli utenti di scorrere le immagini o riprodurre l’intera sequenza come clip video.

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