Cuerpo redondo, cola corta y hocico puntiagudo. Pelaje dosal marrón amarillento o rojizo, con un vientre más pálido o gris. Cola bicolor, más oscura por encima que por debajo. El Topillo pirenaico tiene los triángulos externos del tercer molar superior bien desarrollados y cerrados, a diferencia del T. mediterráneo, que presenta triángulos abiertos.